유상증자에 참여한 벤처기업 대표이사이자 최대주주의 소득공제

거주자가 출자하는 벤처기업의 대표이사 또는 최대주주 여부와 관련없이 「조세특례제한법」제16조제1항의 소득공제요건을 갖춘 경우에는 「조세특례제한법」제16조제1항제4호에 따른 소득공제를 적용받을 수 있는 것

[회신] 귀 질의의 경우, 거주자가 「조세특례제한법」제16조제1항 각호에 해당하는 출자 또는 투자하는 경우에는 위 규정에 따른 금액을 종합소득에서 공제할 수 있는 것이나, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의인은 ○○○(이하 “회사”라 함)의 최대주주이자 대표이사로 현재 회사 지분의 31%를 보유하고 있음 - 회사는 ’24.9월 벤처기업으로 인증되었으며, ’24년 하반기에 자본 확충을 위해 유상증자를 실시하기로 함 - 질의인은 유상증자에 참여하여 추가로 지분을 확보할 것임 2. 질의내용 ○ 질의인이 대표이사이자 최대주주로 있는 벤처기업의 유상증자에 참여하는 경우 「조세특례제한법」제16조제1항제4호에 따른 소득공제를 할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제16조 【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】 ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2025년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다. 4. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우 ② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 20어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제1항제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우 2. 제1항제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우 3. 제1항제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우 ③ 제1항에 따른 소득공제는 투자 당시에는 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하지 아니하였으나, 투자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 경우에도 적용한다. ④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제14조 【벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제】 ⑥ 법 제16조에 따른 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 벤처기업투자신탁의 집합투자업자 또는 그 투자신탁을 취급하는 금융회사, 같은 법에 따른 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구의 업무집행사원 또는 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구를 취급하는 금융회사, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제27조에 따라 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 자 또는 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 "전문투자조합"이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 "투자조합관리자등"이라 한다)로부터 기획재정부령으로 정하는 출자 또는 투자확인서(이하 이 조에서 "출자 또는 투자확인서"라 한다)를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다. 1. 「소득세법」제73조의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다음 연도 2월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날) 2. 제1호외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한 ⑩ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. 「해외이주법」에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우 2. 천재ㆍ지변으로 재산상 중대한 손실이 발생하는 경우 3. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합, 전문투자조합 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 의한 집합투자업자가 해산하는 경우 ○ 벤처기업육성에 관한 특별법 제2조 【정의】 ② “투자”란 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제2조제1호에 따른 투자를 말한다 ○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “투자”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 가. 주식회사의 주식, 무담보전환사채, 무담보교환사채 또는 무담보신주인수권부사채의 인수 나. 유한회사 또는 유한책임회사의 출자 인수 다. 중소기업이 개발하거나 제작하며 다른 사업과 회계의 독립성을 유지하는 방식으로 운영되는 사업의 지분 인수로서 중소벤처기업부령으로 정하는 바에 다른 지분 인수 라. 투자금액의 상환만기일이 없고 이자가 발생하지 아니하는 계약으로서 중소벤처기업부령으로 정하는 요건을 충족하는 조건부지분인수계약의 체결 마. 무담보전환사채의 발행을 사전에 약정하는 계약으로서 중소벤처기업부령으로 정하는 요건을 충족하는 조건부지분전환계약의 체결 바. 그 밖의 가목부터 마목까지의 방식에 준하는 것으로서 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 방식 4. 관련사례 ○ 소득46210-44, 2000. 1. 12. 1. 조세특례제한법 제16조 “중소기업 창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제” 기업창업투자조합 등에 출자한 금액을 동 조합 등이 벤처기업에 투자한 경우이거나 거주자가 벤처기업에 직접 투자한 경우 거주자에 대하여 그 출자액 등의 일정액을 종합소득금액에서 공제한다. 2. 동 규정의 거주자는 종업원 또는 주주도 포함되며 동 거주자가 신주 유상증자에 참여하여 직접투자를 하게되는 경우 등 실질적으로 기업에 투자재원이 지원되는 경우에는 동 규정을 적용을 받을 수 있다. ○ 법인46013-174, 2001. 1. 18. 근로소득자가 출자 또는 투자 당시 조세특례제한법제16조제1항에서 정하고 있는 소득공제 요건을 갖춘 경우에는 당해 출자(투자)금액에 대한 소득공제를 받을 수 있는 것입니다. ○ 서면-2020-법령해석소득-0539, 2020. 12. 18. 귀 서면질의의 경우, 거주자가 벤처기업이 보유한 자기주식을 양수하는 방법으로 취득한 경우 「조세특례제한법」제16조의 소득공제 대상에 해당하지 않는 것입니다. ○ 서면-2019-법령해석소득-2047, 2019. 10. 17. 귀 서면질의의 경우, 벤처기업 임원 또는 종업원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하여 신주를 인수받은 것이 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 다른 투자에 해당하는 경우에는 「조세특례제한법」제16조제1항의 소득공제를 받을 수 있는 것입니다.